来自半人马座比邻星β的外星人哈哈,与数十亿年前比邻星β人从地球带走的恐龙蛋中孵化出的,全宇宙最后一只恐龙哈小龙,来到地球,与以爱科学的小学“女汉子”公孙兰,以及她的爸爸妈妈、少科站的伙伴诸葛聪明、杨燕,竞争对手司马晴空及其跟班夏冬等,在少科站、家中和街心花园等地发生种种生活趣事,哈哈为了重返比邻星β,哈小龙为了复辟恐龙帝国,与公孙兰等一起穿梭时空隧道,探索宇宙奥秘,遭遇了无数冒险奇遇
神城麻郁（浪川大辅 配音）从小在孤儿院长大，除了一张年代久远的照片外，他对自己的过去一无所知。一次偶然中，他在电视上看到了和自己手中照片上一模一样的房子，为了弄清楚自己的过去，他搬到了那幢房子里，并进入当地的高中就读。某天上学途中，麻郁遇见了正要被人非礼的女孩宫藤深衣奈（中原麻衣 配音），他意外的发现，自己和宫藤深衣奈有着相同颜色的眼眸。让麻郁没有想到的是，当晚，深衣奈竟然出现在了自己家的门口，并拿出了和麻郁一模一样的照片，声称自己饰麻郁的双胞胎妹妹。就这样，麻郁开始了和深衣奈的同居生活，随着时间的推移，两人之间的关系逐渐亲密起来。
