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在明治的新京都，佩戴着［许可证］的妖怪也在四下飞奔，在得到由官方发放的许可证后，可以和人类一起生活。其中，有一个专门逮捕没有得到许可证的妖怪人，以此来捍卫京都的治安的集团在奋斗着。他的名字就是株式会社新撰组。另一方面，时代巨变下杂乱无章的京都中，和伙伴妖怪猫丸一起刚从上海回来的少年出现了。他名叫坂本龙之介，而他将马上回到上海。为了完成收养她们的坂本夫人的愿望，三人而一直努力着留住坂本龙之介。是一部描绘爱情和战争，悲伤却搞笑科幻历史剧。
第二季会接力第一季的剧情，把最终没有完结的战斗以新篇章的形式给大家补充完整，剧情看点与握有钥匙的水泽葵、影月明、若叶皆实一起，如今的莲正迈出通往谜团的一步，对于前方沉睡着无法想象的真相一事，仍然一无所知。
