在明治的新京都，佩戴着［许可证］的妖怪也在四下飞奔，在得到由官方发放的许可证后，可以和人类一起生活。其中，有一个专门逮捕没有得到许可证的妖怪人，以此来捍卫京都的治安的集团在奋斗着。他的名字就是株式会社新撰组。另一方面，时代巨变下杂乱无章的京都中，和伙伴妖怪猫丸一起刚从上海回来的少年出现了。他名叫坂本龙之介，而他将马上回到上海。为了完成收养她们的坂本夫人的愿望，三人而一直努力着留住坂本龙之介。是一部描绘爱情和战争，悲伤却搞笑科幻历史剧。
来自半人马座比邻星β的外星人哈哈,与数十亿年前比邻星β人从地球带走的恐龙蛋中孵化出的,全宇宙最后一只恐龙哈小龙,来到地球,与以爱科学的小学“女汉子”公孙兰,以及她的爸爸妈妈、少科站的伙伴诸葛聪明、杨燕,竞争对手司马晴空及其跟班夏冬等,在少科站、家中和街心花园等地发生种种生活趣事,哈哈为了重返比邻星β,哈小龙为了复辟恐龙帝国,与公孙兰等一起穿梭时空隧道,探索宇宙奥秘,遭遇了无数冒险奇遇
