在明治的新京都，佩戴着［许可证］的妖怪也在四下飞奔，在得到由官方发放的许可证后，可以和人类一起生活。其中，有一个专门逮捕没有得到许可证的妖怪人，以此来捍卫京都的治安的集团在奋斗着。他的名字就是株式会社新撰组。另一方面，时代巨变下杂乱无章的京都中，和伙伴妖怪猫丸一起刚从上海回来的少年出现了。他名叫坂本龙之介，而他将马上回到上海。为了完成收养她们的坂本夫人的愿望，三人而一直努力着留住坂本龙之介。是一部描绘爱情和战争，悲伤却搞笑科幻历史剧。
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就算有超学先锋在，但是由于过于高新的科技技术，还有糊涂博士的发明，还未得推广就使用，会给明日岛带来一定的风险，甚至有时会造成意想不到的危机。比如，卢西亚娜打算将明日岛变成最美夜景的岛，但是灯光的频闪，却引发了人们身体不适，灭火机器人混乱；打算维修机器的甲虫机器人，却对机器人进行了破坏；糊涂博士原本为明日岛设计风力发电，却让鸟儿们大面积受伤；瑞法跟她的空间站失去联系了，可是一场大流星雨即将到来，空间站将会被摧毁。每当这个时候，我们的超学先锋总是第一时间，和百变校巴一起出动，赶赴现场。在塞拉斯的带领下，用大家的专业学科知识，分析问题，找出解决的方案，虽然有时因为大家的理论知识和想法有所不一样，但是他们仍然以团队为重，在塞...
