第二季会接力第一季的剧情，把最终没有完结的战斗以新篇章的形式给大家补充完整，剧情看点与握有钥匙的水泽葵、影月明、若叶皆实一起，如今的莲正迈出通往谜团的一步，对于前方沉睡着无法想象的真相一事，仍然一无所知。
恐龙战队再度与复仇归来的掌控者及其制造的魔方怪物们斗智斗勇，全力保护恐龙城市的故事。在愈发艰难的战斗过程中，恐龙战队成员们在新伙伴冰凝的技术支持下，运用魔方手表陆续召唤出了全新的数码恐龙和电磁恐龙，靠着智慧与谋略和不屈不挠的精神，成功击败了掌控者及其怪物军团，维持了社会的秩序，恢复了城市的安宁。
常夏の孤島・青藍島（せいらんとう）。この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに妹・橘麻沙音と共に帰島することになった。しかし青藍島は人口減少に待ったをかけるべく施行されたドスケベ条例によって、島中どこでもドスケベセックスが許可・推奨されており、「性産的行為」を拒否すると犯罪に等しい処罰を受けることになってしまう狂気の島であった。誇り高き童貞にして処女厨であった淳之介はこの条例に疑問を持ち、自身と愛する妹の純潔を守るべく、反交尾勢力・NLNS(NoLoveNoSex)を立ち上げ、ドスケベ条例の破壊を目指して動き始める――！「俺が…ドスケベ条例をぶっ潰す！」
