飯代ほしさに用心棒に雇われた"BUTA"が連れて行かれた先は海賊船だった。その船倉には、家宝の地図と共に誘拐された"キツネ"がいた。キツネの機知により、BUTAはキツネを救わざるを得なくなる。大立ち回りの末に海賊"トラフグ"一味から逃れるBUTAとキツネ。欲望に忠実でバイタリティあふれる大人のBUTAと、心は純粋だが世間を知らない子どものキツネの逃避行が始まった。それは地図の謎も絡み、女盗賊"グッピー"一味も加わっての大騒動へと発展していく。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……
‘如果神用六天创造出了世界，我将在六十分钟内破坏殆尽，创造出乐园’突如其来现身的谜之男子伊斯 / 假面骑士Eden，与信仰他的一亿名信徒一起，于世界各地引发多起恐怖行动。当人们接连崩溃倒下，世界处于大混乱之中，为了阻止埃斯而站出来的飞电或人、不破谏、刃唯阿、天津垓，以及灭亡迅雷.net的迅、灭等人，作为假面骑士在与敌人战斗时奋力追查真相。到底，拥有压倒性强大力量的伊斯真面目到底是。伊斯试图创造乐园，又到底有什么意图？跨越人类和AI的隔阂，用60分钟拯救世界！
